Der Innenraum der Kirche wird hauptsächlich durch die nördlichen Fenster geprägt. Schmerzlicherweise gingen während des zweiten Weltkrieges die erbauungszeitlichen Kirchenfenster verloren, als die Royal Airforce kurz vor dem Kriegsende Bomben über Potsdam abwarf. Nach einer behelfsmäßigen Ausmauerung mit Glasbausteinen wurden in den 1950ern sämtliche Fenster durch schlichte Bleiverglasungen mit Buntglas ersetzt und die Rundfenster über der Apsis vermauert. Doch erst in den 2010ern wurde im engen Austausch mit der unteren Denkmalschutzbehörde das Ziel in Angriff genommen, die erbauungszeitliche Schönheit der Kirche, inklusive ihrer Fenster, wiederherzustellen.

Die zwei zugemauerten Rundfenster konnten 2015 im Zuge der Innenraumsanierung wiederhergestellt werden. Glücklicherweise waren hierfür fotografische Aufnahmen des Innenraums vorhanden, womit eine annähernde Rekonstruktion der Fenster mit Lutherrosenmotiven ermöglicht wurde.

Im weiteren Verlauf der Innenraumsanierung konnten 2016 die drei Apsisfenster mithilfe von fotografischen Aufnahmen annähernd rekonstruiert werden. Sie zeigen Weinblätter und lehnen sich an den wahren Weinstock Jesus mit Gott als Weingärtner an. Hierbei sticht das zentrale Apsisfenster mit dem Auferstehungssymbol hervor, welches das Siegeslamm Jesus darstellt.

Anders als zu den restlichen Nordfenstern, waren bei der Gestaltungsfrage der neuen Kirchenfenster keinerlei fotografische Aufnahmen vorhanden. Zufolge wurde im Sinne der schöpferischen Denkmalpflege gehandelt. Ziel war es, die Anlehnung an die restlichen Kirchenfenster, sowie die architektonische Harmonie des Innenraums zu unterstreichen.

Somit wurde als zentrales Element die gotische Raute gewählt, da diese bereits in den Südfenstern vorhanden waren und deshalb mit hoher Wahrscheinlichkeit in Anlehnung an bauzeitliche Lösungen verwendet wurden. Im regen Austausch mit der unteren Denkmalschutzbehörde Potsdam wurden schlussendlich 2020 die restlichen Kirchenfenster der Nordseite ergänzt.